He detenido la simulación, pero las coordenadas siguen igual
Así se comportan las aplicaciones que han guardado en caché el último punto conocido. Abre Mock Location (restaurará el estado correcto) y reinicia por completo la otra aplicación.
Hay una situación aparte cuando el firmware cierra el proceso de la aplicación en mitad de una sesión: los proveedores de prueba siguen en el sistema con el último valor escrito y no llegan coordenadas nuevas. La señal de que es justo este caso es que la notificación ha desaparecido sola del panel, aunque tú no detuviste la simulación.
Abrir la aplicación lo arregla: al iniciarse, comprueba si el estado guardado y el real no coinciden, recoge los proveedores huérfanos y, o bien devuelve la simulación a un estado operativo, o bien la retira correctamente.
Para que no vuelva a pasar, activa el inicio automático y quita las restricciones de batería: más detalles en la pregunta sobre Xiaomi.